Комитетом лесного, рыбного и охотничьего хозяйства Министерства природных ресурсов и охраны окружающей среды РК был подготовлен проект постановления Правительства РК №970, который вышел в свет 17 июля 2001 г., «О создании Катон-Карагайского государственного национального природного парка». Эта дата по праву считается днём рождения Катон-Карагайского государственного национального природного парка.
Основные направления деятельности РГУ «Катон-Карагайский государственный национальный природный парк»: сохранение государственного природно-заповедного фонда, биологического разнообразия, уникальных природных и историко-культурных комплексов и объектов, имеющих особую экологическую, рекреационную и научную ценность; изучение в естественном состоянии развития природных процессов и ведение экологического мониторинга; обеспечение режима охраны территории и его охранной зоны, видов растительного и животного мира, занесённых в Красную книгу Республики Казахстан, МСОП, строго целевого рационального использования; восстановление нарушенных природных и историко-культурных комплексов и объектов на основании рекомендаций научных организаций; проведение экологического просвещения населения, для чего организуется и осуществляется экологический туризм, имеются зона рекреации и ограничения хозяйственной деятельности в определённых для этих целей зонах.
В учреждении работают 356 сотрудников. Официальное решение о включении Катон-Карагайского государственного национального природного парка во Всемирную сеть биосферных резерватов было принято на XXXVII съезде международного координационного совета ЮНЕСКО, который проходил в Швеции 12–13 июня 2014 г. Получение международного статуса биосферного резервата ЮНЕСКО – это почётно, но вместе с тем это и очень большая ответственность за уникальный уголок планеты, который необходимо сохранить, следуя принципам рационального природопользования и устойчивого развития приграничных территорий. Поэтому на протяжении 12 лет продолжается успешное сотрудничество с коллегами из Катунского государственного биосферного заповедника Российской Федерации по вопросам охраны, эколого-просветительской деятельности и научных исследований объектов природно-заповедного фонда Центрального и Южного Алтая. Территория двух соседних ООПТ вошла в состав трансграничной особо охраняемой природной территории «Алтай».
